Nell'attuale zona della Manifattura delle Arti si insediò, negli anni centrali del Medioevo, la prima comunità di monache bolognesi.
Attorno al 1200 la costruzione del monastero delle suore domenicane di Santa Maria Nuova portò, nella zona compresa tra tra le attuali via Riva di Reno e via Azzo Gardino, l'interesse delle nobili famiglie bolognesi che affidarono al prestigioso convento le proprie figlie.

Il corpo centrale del convento affacciava sul Canale Reno, costruito nel secolo precedente e che, partendo dalla Chiusa del Fiume Reno a Casalecchio, portava al centro della città le acque dell'omonimo fiume.
Il blocco principale dello stabile era costituito da una cappella, da locali ad uso esclusivo delle suore e da una chiesa esterna per i fedeli.
Nella parte retrostante una enorme distesa di chiostri e orti raggiungeva via del Rondone.

Il convento e le chiese, soggette ad un restauro in stile barocco nel 1650, rimasero alle suore domenicane fino all'annessione di Bologna alla Repubblica Cisalpina del 1799, confiscati e successivamente trasformati in Fabbrica dei Tabacchi in seguito alle requisizioni napoleoniche.

I vecchi locali monastici vennero riadattati e dotati di un sistema di convogliamento delle acque all'interno della struttura che, attraverso due chiaviche, permettevano l'azionamento dei macchinari per la lavorazione del tabacco.
La vicinanza del Canale fu di grande importanza per la fabbrica, non solo per l'azionamento meccanico, ma anche per l'organizzazione logistica: sia per l'approvvigionamento delle materie prime che per il seguente commercio del prodotto finito.
I successivi ampliamenti del fabbricato e la costruzione di locali accessori nell'area precedentemente riservata agli orti delle domenicane furono il segnale del fiorente successo della Manifattura, che al suo apice produttivo contò oltre mille lavoratori al suo servizio.

La struttura muraria fu oggetto di un nuovo e più radicale restauro nei primi anni del Novecento quando furono abbattuti e ricostruiti la maggior parte degli edifici.
La facciata, tuttora immodificata, fu frutto del progetto del 1906 di Gaetano de Napoli.

I bombardamenti della seconda guerra mondiale aprirono numerose ferite allo stabile, che fu però mantenuto attivo fino al 1952.
Negli anni sessanta del Novecento la Fabbrica della Manifattura Tabacchi si trasferì nella periferia nord della città.

Attualmente l'originale palazzina direzionale che si affacciava sulla via Riva di Reno ed alcune costruzioni residue della ex Manifattura sono la sede della Cineteca di Bologna